性質不同：
特定減免稅貨物：是實際進口貨物：針對三個特定，在符合條件的情況下給予的稅收優惠措施；
保稅貨物：針對進境又復運出境的特點簡化了海關稅、證手續的一種制度。

前期準備不同：
特定減免稅貨物：申領減免稅證明；
保稅貨物：向海關備案，由海關核發加工貿易登記手冊。

監管不同：
特定減免稅貨物：監管期滿解除監管（時效）；
保稅貨物：根據去向不同分別辦理相應的手續。