與原電子支付系統相比，新一代海關稅費電子支付系統實現海關、銀行、國庫直聯，把原有電子支付系統的稅款預扣指令、實扣指令合并，簡化為單一的扣稅指令，優化了作業流程，進而提高了支付效率。企業與海關、銀行在線簽署三方電子協議后，可在國際貿易“單一窗口”“互聯網+海關”平臺上一站式辦理報關單申報、稅款繳納等通關手續，企業稅款扣繳成功后，海關通關系統自動進行放行作業，無需在海關、銀行之間“跑路”。

新一代電子支付系統基于電子口岸(單一窗口)平臺，供企業免費使用，無需登錄第三方支付平臺，即可一站式辦理報關單申報、繳稅等手續，操作更簡便，通關效率更高、企業成本更低。